Al iniciarse Windows muchas veces se ejecutan programas sin que nos demos cuenta. Hay muchas maneras de ejcutarse automáticamente, aquí comentare las mas simples de detectar.
1- Lo mas común es en Programas\Inicio muy fácil de revisar y quitar algún programa que no deseemos que se cargue.
2- Otro sitio donde buscar es Panel de Control\Tareas Programadas, aquí pueden encontrarse programas que se cargan al inicio de Windows o en un día y hora determinado. Se pueden quitar uno a uno o detener todos simultáneamente desde el menúOpciones Avanzadas\Detener Programador de Tareas.
3- Un poco mas avanzado es revisar los Servicios de Windows, se encuentran en Panel de Control\Herramientas Administrativas\Servicios.
Cada Servicio o Programa puede tener dos Estados, [Iniciado o Detenido], y a su ves tres tipos de Inicio [Automático, Manual o Deshabilitado] Podemos detener un Servicio determinado para la sesión actual y además modificar su tipo de inicio para la próxima ves que se inicie Windows.
4- Una manera muy avanzada para ejecutar un programa en el inicio de Windows es a través de Registro. (Hacer copia de seguridad del Registro antes de realizar cualquier cambio).
Para acceder al registro y a la rama donde generalmente se encuentran los programas maliciosos que se ejecutarse con el inicio de Windows, ir a
Inicio - Ejecutar - Regedit una ves en el registro buscar
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
En el panel de la derecha se encuentran los programas que se ejecutan. Si se desea evitar la ejecución de alguno de ellos en el próximo inicio de Windows, recomiendo no borrarlos, sino modificar la extensión de su nombre para evitar borrar algún programa necesario y que luego no se pueda recuperar.
Por Ejemplo para evitar que se inicio Messenger buscar en Nombre msnmsgr y modificar la ruta de acceso "C:\Archivos de programa\Windows Live\Messenger\msnmsgr.ex_" reemplazando la ultima letra (e) de la extensión exe por un guión bajo (_). Así nos aseguramos que no encontrara el archivo original.
Lo mismo debemos hacer en la Clave
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Ahora podremos tener mas controlados los programas que se ejecutan sin nuestra aprobación.

Si despues de intentar ver los archivos ocultos de la forma convensional
(mi pc - herramientas - opciones de carpeta - ver - mostrar todos los archivos y las carpetas ocultos.) no se tiene exito, seguro que algun troyano o virus modifico el registro, lo mejor es hacer lo siguiente .
Inicio - Ejecutar - Regedit
1- Acceder a la clave
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder
\Hidden\NOHIDDEN.
Verificar que los valores
CheckedValue = 2
DefaultValue = 2
Estos valores deben ser de tipo DWORD.
Si fueran de tipo alfanumérico (REG_SZ), selecciónarlos, hacer clic sobre Edición, Eliminar, Sí y crearlos de nuevo (Edición, Nuevo, Valor DWORD).

2- Acceder a la clave
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder
\Hidden\SHOWALL.
Verificar que el valor
CheckedValue = 1
DefaultValue = 2
Modifícarlos si fuese necesario. Sus tipos deben ser también DWORD.
Para finalizar hacer clic sobre Archivo, Salir.